Después de destruir la Tierra hace muchos años, la raza alienígena Gauna ha estado persiguiendo los restos de la humanidad, que, después de haber escapado por poco, huyeron a través de la galaxia en una serie de barcos de semillas gigantes. En el año 3394, Nagate Tanikaze emerge de su reclusión de por vida en lo profundo del barco de semillas Sidonia en busca de alimento en los niveles superiores, solo para verse arrastrado a eventos que se desarrollan sin su conocimiento.Cuando los Gauna comienzan su asalto a Sidonia, depende de Tanikaze, con la ayuda de sus compañeros soldados y amigos Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose y Yuhata Midorikawa, defender la última esperanza de supervivencia de la humanidad y derrotar a sus enemigos alienígenas. Sidonia no Kishi sigue a Tanikaze cuando descubre el mundo que ha estado por encima de él durante toda su vida y se convierte en el héroe que Sidonia necesita.
Después de destruir la Tierra hace muchos años, la raza alienígena Gauna ha estado persiguiendo los restos de la humanidad, que, después de haber escapado por poco, huyeron a través de la galaxia en una serie de barcos de semillas gigantes. En el año 3394, Nagate Tanikaze emerge de su reclusión de por vida en lo profundo del barco de semillas Sidonia en busca de alimento en los niveles superiores, solo para verse arrastrado a eventos que se desarrollan sin su conocimiento.Cuando los Gauna comienzan su asalto a Sidonia, depende de Tanikaze, con la ayuda de sus compañeros soldados y amigos Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose y Yuhata Midorikawa, defender la última esperanza de supervivencia de la humanidad y derrotar a sus enemigos alienígenas. Sidonia no Kishi sigue a Tanikaze cuando descubre el mundo que ha estado por encima de él durante toda su vida y se convierte en el héroe que Sidonia necesita.